هایپرکلابز : موزائیک فضای سنگ فرش شدة شمالی نمایان گر اولیاء مقدس متعددی می‌باشد . این موزائیک از آنجا که در جائی بسیار بالا و غیر قابل دسترسی قرار گرفته‌اند توانسته‌اند به خوبی باقی بمانند . ایگناتیوس در حالی که در یک لباس بلند و گشاد و با تصاویر صلیب ایستاده ، انجیل بسیار نفیسی در دست دارد. اسامی مقدسین در اطراف مجسمه به زبان یونانی حک گردیده‌است تا شناخت آنها برای بازدیدکنندگان آسان باشد .
در ۲۳ فوریه سال ۵۳۲ میلادی، تنها چند روز پس از تخریب کلیسای دوم، جاستینیان اول تصمیم به ساخت کلیسای سوم که بزرگتر و با عظمت تر بود گرفت . جاستینیان فیزیکدان معروف ایسیدور از مایل توس و ریاضیدان معروف آن زمان آنتی میوس از ترالس را برای طراحی نقشه و رهبری بنای کلیسای سوم انتخاب نمود .برای احداث ایاصوفیا یا کلیسای سوم، جاستین دستور وارد نمودن تمامی مواد و بهترین آنها از سراسر امپراتوری را داد .
این شامل ستونهای هلنیستیک از معبد آرتمیس که اکنون از عجایب هفتگانه بوده و خرابه های آن در ترکیه است ، سنگهای بسیار بزرگ از مناطق دورافتاده قلمرو خود ، سنگ آذرین از مصر ، مرمرهای سبز از تئسالی ، سنگهای سیاه از منطقه بسفر استانبول ، سنگهای زرد از سوریه ، ستونهایی از برگاموی ازمیر و...
برای ساخت کلیسای سوم بیش از ۱۰۰۰۰ نفر در طول 5 سال کار میکردند. حتی از همان ابتدا هم عالمین این را بعنوان بزرگترین پروژة مهندسی زمان که نشان دهندة خلاقیت و توانائیهای بسیار بالای متخصصین و آرشیتکتهای آن دوره بود تشخیص دادند. به نظر می‌رسد آرشیتکتها جهت پوشش دادن فضای بسیار بزرگ روی ساختمان از تئوری هرون الکساندریا برای احداث گنبد استفاده نموده باشند . فرمانروا به همراه کشیش اوتی چیوس در ۲۷ دسامبر ۵۳۷ کلیسا را در مراسمی عطیم افتتاح نمودند .
ایاصوفیا از آن به بعد محل عبادت ارتدوکسهای استانبول و همچنین محل اجرای مراسم امپراتوری از جمله کروناسیون بود . کلیسا همچنین محل یتیم خانه و محل اعتراف خطاکاران و گناهکاران و همچنین بازدیدکنندگان از سرتاسر جهان گردید که به شدت مورد توجه آنها قرار می‌گرفت . در زمان حکومت امپراتور تئوفیلیلوس ین سالهای ۸۲۹ تا ۸۴۲ که شدیداً تحت تأثیر هنرهای اسلامی بود ، دستور نصب در نقره‌ای با تصویر حک شده خود بر آن را در ورودی جنوبی کلیسا صادر نمود .
پس از تسخیر استانبول در انتهای جنگ صلیبی چهارم، ایاصوفیا مورد تجاوز و بی حرمتی مسیحیان لاتین قرار گرفت، بسیاری از یادگارهای باستانی و آثار مقدس منجمله سنگ قبر عیسی مسیح، تصویر شیردهی مریم مقدس، کفن عیسی مسیح، استخوانهای برخی از امامان مسیحی دفن شده در ایاصوفیا دزدیده شده و به کلیساهای غرب فرستاده شدند. در طول تصرف استانبول توسط لاتینها بین سالهای ۱۲۰۴ تا ایاصوفیا تبدیل به کلیسای کاتولیکهای رم شد .
نریکو داندولو رئیس جمهور آن زمان ونیس که رهبری حمله و تصرف استانبول توسط جنگ طلبان لاتین را در سال ۱۲۰۴ به عهده داشت در داخل ایاصوفیا دفن گردیده‌است. قبر انریکو که بخشی از دکوراسیون کف ایاصوفیا شد، مدتها مورد اهانت و تف انداختن بایزنتاینیها شد.
پس از تصرف استانبول توسط امپراطوری ترک اتومان ها در سال 1453 به دستور فاتح سلطان مهمت به مسجد تبدیل شد. و سه روز پس از فتح استانبول، ضمن برپا داشتن مراسم نماز جمعه در ایاصوفیا به امامت آق شمس الدین، خطبه به نام پادشاه فاتح عثمانی خوانده شد .
در قرن ۱۶، سلطان سلیمان کبیر مایه فخر امپراطوری ، دو شمعدان بسیار بزرگ از فتح مجارستان به ایاصوفیا آورد. آنها را در دو طرف محراب جایگذاری کردند.
در طول سلطنت سلیم دوم ین سالهای ۱۵۶۶ و ۱۵۷۷ جهت استحکام بخشیدن به مسجد، ساپورتهای سازه‌ای در خارج ساختمان مسجد توسط آرشیتکت بزرگ ترک به نام سینان ساخته شـد.
سینان از نقطه نظر تاریخی اولین آرشیتکتی بود که طراحی‌هایش با توجـه به زمین لرزه انجام می‌گردید. در کنار ضد زلزله نمودن ساختمان، سینان همچنین ۲ مناره دیگر در سمت غربی ساختمان و مقبره سلیم دوم را در سمت جنوب شرقی مسجد در سال ۱۵۷۷ ایجاد نمود .
در سال ۱۶۰۰ توربه و قبر مراد سوم و مِحمِد سوم در کنار مقبره سلیم دوم ایجاد گردید. دیگر آثار اضافه شده در آن وقت شامل گالری سلطان، منبر با دکور سنگ مرمر، تخت مخصوص پادشاهی و ایوان سرپوشیده جهت مؤذن را میتوان نام برد
سلطان مراد سوم که دوران ۱۵۷۴ تا ۱۹۹۵ حکومت کرد. ۲ گلدان مرمر سفید مربوطه به رم باستان از پرگامون یا همان برگامای ازمیر آورد .
سلطان محمود اول در سال ۱۷۳۹ دستور بازسازی مجـدد مسجـد را داد و به آن مدرسه‌ای که شامل مدرسه قرآن که هم اکنون به صورت کتابخانه‌است و ۳۰۰ هزار جلد کتاب در آن جـای دارد و همچنین یک آشپزخانه برای پختن غذا برای پخش غذا به بینوایان و یک کتابخانه اضافه نمود، در سال ۱۷۴۰ حوضی جهت غسل کردن ایجاد نمود که همه اینها در مجموع مسجد را تبدیل به یک محل اجتماع نمود. در همان زمان نیز یک راهرو بزرگ و یک محراب جدید در داخل ساخته شد.
معروفترین بازسازی ایاصوفیا توسط سلطان عبداالمجید ثورت گرفت و زیر نظر دو برادر آرشیتکت سوئیسی به نام گاسپر و جیوسپ فوستی صورت گرفت که بسیاری از آثار با برداشتن گچهای ساده موقتی که گذاشته شده بود نمایان شد و با کمک هشتصد کارگر بین سالهای ۱۸۴۷ و ۱۸۴۹ صورت گرفت .
در سال ۱۸۵۰ آرشیتکت فوستی گالری امپراتوری با سبک نئوبیزانس جدید که دو سالن سلطنتی را در پشت مسجد به هم متصل می‌نمود احداث کرد . در ساختار بنا در ایاصوفیا تدبیر متفکرانه ای برای هماهنگی طاقها و ستون‌ها به کار رفته‌است. ۴ ستون عظیم از سنگ خارای مصری، شبیه پای فیل، ۴ طاق بالا را نگه داشته‌است و گنبد بر روی آنها محکم شده است. در ساقه گنبد، حلقه‌ای از ۴۰ پنجره نزدیک به هم قرار گرفته، که نور از آنها به درون می‌تابد و با انعکاس از موزاییکهای طلایی صحنه ای رویایی بوجود می آورد . ژرفای گنبد ۱۸ متر و بلندی گنبد ۵۶ متر از سطح زمین است و قطر آن ۳۳ متر است .
این بنا مجموعاً دارای ۱۰۷ ستون و ۹ در است. بزرگترین آنها در وسطی است با چارچوب برنزی و قاب مرمر که مخصوص ورود امپراتور بود در تزئینات بنای آن، از فلزات گرانبهای منتسب به هنر بیزانسی استفاده شده‌است و حدود 6000 تن جواهرات استفاده شده بود .
از زیباترین بخشهای این بنا، تزئینات ایاصوفیا و موزائیک‌های بیزانسی آن است. در میان آن قطعات و تابلوهای ساخته شده از طلا، نقره، مرمر و سفال لعاب دار رنگارنگ دیده میشود. تابلوهای موزائیک ایاصوفیا را میتوان بر سطح داخلی نیم گنبدها، دیوارها، طاقها و بر سر در ویژة امپراتور و... دید
از بخشهای و اشیای دیگر کلیسا میتوان به کوزه مرمری که فقط از یک تکه مرمر واحد ساخته شده اشاره کرد این مرمر اوریجینال و مربوط به دوره ه هلنیستیک و توسط امپراطور مراد سوم از شهر برگاما آورده شده است.
تئرلئیئن ستون یا ستون آرزو : تئرلمک در ترکی یعنی عرق کردن
این ستون ،ستون آرزو نام دارد که حکایه های زیادی دارد.بر زبق حکایات در زمان بیزانس زمانی که در حال احداث این کلیسا بودند و برای تزییناتش از طلا استفاده میکردند هرروز پشت این ستون طلاها را انبار میکردند و یک سرباز هم از اینجا نگهداری میکرده تا اینکه شبی خسته و خواب آلود یک فرشته به سراغش میاید و میگوید تو بخواب من از این طلاها نگهبانی میکنم.صبح که سرباز بیدار میشود فرشته رفته و تنها جای انگشتش روی دیوار پشت سر سرباز باقی مانده بود.از طرف دیگر اینجا را ستون آرزوها هم مینامند و معتقدند اگر کسی آرزویی بکند و شست دستش را داخل آن کرده و یک دور کامل دستش را بچرخاند بدون اینکه کف دستش بلند شود آروزی او حتما برآورده میگردد.
داخل سوراخ از گوموش(نقره) پر شده است.
دروازة سلطنتی ورودی اصلی بین حیاط خارجی و سالن داخلی کلیسا بود. این ورودی منحصراً جهت شرفیابی سلطان بوده و تزئینات بالای مدخل مربوط به سمبلی از حضرت عیسی (ع) و لیو ششم است و سربالایی موجود که از شمال ورودی شروع میشود سالن عبادت را به گالری متصل میکند.
سرسرای بالا که بصورت نعل اسب طراحی گردیده سالن کلیسا و محراب را در برمیگیرد. تزئینات موزائیک موجود کنونی در سرسرای بالا بسیار زیبا حفط گردیده‌است. سرسرای بالا سنتاً جهت ملکه و همراهانش در نظر گرفته شده بود بهترین موزائیک‌های حفظ شده در بخش جنوبی گالری قرار دارند .
مدارک برادران فاستی و جیوسپ مهم است طبق شواهد در گنبد مرکزی عکس حضرت عیسی ، یک صلیب بزرگ با تزیین جواهر ، روحانیون و ملایک موجود است که گفتیم ملایک نمایان شدند اما از آنجا که گنبد به آیاتی از قرآن تزیین گردیده بحث کندن گچهای این ناحیه دچار مشکل است .